В постоянных хранилищах (подвалы, погреба, подполье и. т. д.), как правило, хранят плоды (яблоки и груши), картофель, корнеплоды, капусту, виноград и другие овощи и фрукты. Постоянное хранилище в обязательном порядке должно иметь систему вентиляции. Это зачастую система естественной вентиляции, которая действует по принципу тепловой конвекции. Для этой цели хранилища оборудуют приточными и вытяжными трубами. Приточные трубы обычно устанавливают у боковых стен с наружной стороны. Входное отверстие приточной трубы устанавливают на небольшой высоте над уровнем земли, но так чтобы оно не оказалось зимой под снегом. Сверху их защищают козырьком для предотвращения попадания атмосферных осадков. Внутреннее отверстие приточной трубы должно находиться у поверхности пола, а вытяжной трубы — у конька крыши. При этом внутренний их обрез не должен выступать внутрь для лучшего удаления теплого и влажного воздуха из хранилища. Сверху вытяжной канал следует защитить козырьком. Вытяжные трубы необходимо делать утепленными в виде двойных плотных дощатых стенок с прокладками между ними из теплоизолирующего материала. Иначе при соприкосновении теплого увлажненного воздуха с холодными стенками труб образуется конденсат и в хранилище будет наблюдаться капель.
Интенсивность вентилирования можно усилить как за счет увеличения высоты вытяжной трубы, так и увеличения сечения вентиляционных труб и ветровых насадок. Сечение приточной трубы в хранилище емкостью 10— 15 м3 обычно составляет 180—200 см2 (от 0,1x0,15 м до 0,30x0,30 м), а вытяжных—на 10% больше. Количество поступающего воздуха регулируется с помощью задвижки, установленной в приточном канале. В условиях средней зоны в хранилищах с естественной вентиляцией оптимальная температура хранения картофеля и овощей установится спустя полтора—два месяца с момента загрузки. При естественной вентиляции нет возможности существенно увеличить поступление воздуха и ускорить охлаждение. Для борьбы с вредителями продовольственных запасов, такими как насекомые, мышевидные грызуны, входные и выходные отверстия каналов заделываются густой металлической сеткой. Все дыры и щели заделываются битым стеклом и цементом. Мышей и крыс уничтожают с помощью капканов, ловушек и отравленных приманок. Бактериальные и отравленные фосфидом цинка приманки (на 1 кг зерна 5 г растительного масла и 5 г фосфида цинка) раскладывают в норы или под приманочные укрытия. С целью уничтожения мух развешивают липкие клеевые ленты.