Влажность воздуха наряду с температурой оказывает существенное влияние на лежкоспособность плодов и овощей. Относительная влажность воздуха должна быть также постоянной, рекомендованной для каждого вида продукции. При малой насыщенности воздуха парами воды овощи и плоды вянут и теряют в весе. Высокая же влажность ведет к нарушению обмена веществ, ухудшению качества фруктов и овощей и снижению устойчивости к различным неблагоприятным факторам (развитию заболеваний), что в конечном итоге приводит к порче продуктов. На влажность воздуха в хранилище большое влияние оказывает влага, которую испаряют хранящиеся в нем фрукты и овощи. Интенсивность испарения влаги плодами и овощами зависит от их особенностей, в первую очередь от строения покровных тканей. Так луковицы репчатого лука покрыты сухими чешуями, защищающими их от испарения влаги. Вследствие этого их можно сохранять при влажности воздуха 70—75%. Кроме того, такая влажность способствует предотвращению сильного развития такого заболевания, как шейковая гниль. Корнеплоды моркови с тонкими покровными тканями при увядании теряют устойчивость к заболеваниям и поэтому для предотвращения от увядания их хранят переслаивая влажным песком. Сорта яблок, которые различаются между собой толщиной воскового слоя по-разному теряют влагу. Так, плоды сорта Уэлси склонны к увяданию, в то время как яблоки сорта Славянка, отличающиеся мощным восковым слоем, могут сохраняться в более сухой атмосфере и более продолжительное время.
Зеленные овощи и ягоды легко и быстро теряют влагу, поэтому для их сохранности необходима почти 100% влажность. Для хранения большей части плодов и овощей рекомендуется влажность воздуха около 95%. Как уже говорилось выше, повышенная влажность воздуха нежелательна и тем более недопустимо отпотевание продукции, так как это будет причиной развития болезней и соответственно высоких потерь плодов и овощей в период хранения. Однако, если это произошло для подсушки влажного воздуха в хранилище ставят миски с хлористым кальцием (121 кг на миску). Хлористый кальций обладает способностью поглощать влагу из воздуха. Влажный хлористый кальций можно затем восстановить сушкой, которая производится в теплом, сухом месте. Просушивать хлористый кальций можно также на плите или печке. Если же, наоборот, возникает потребность повысить влажность воздуха—пол посыпают мокрыми опилками. Для предотвращения появления плесени и посторонних запахов необходимо проводить дезинфекцию или побелку погреба или хранилища.