В основном этой пятнистостью поражаются плоды сорта Джонатан, но в отдельные годы при поздних сроках уборки и хранении при повышенной температуре болезнь поражает и другие сорта красных яблок. Через полтора-два месяца с начала хранения на плодах образуются четко очерченные, блестящие черно-коричневые пятна. Позже пятна сливаются друг с другом и покрывают всю поверхность яблока. Повреждаются только верхние слои, в которых содержится пигмент. Вкусовые качества яблок не ухудшаются, но, тем не менее, товарный вид плодов портится. Степенью снижения потерь от джонатановой пятнистости уборку плодов средних размеров следует проводить в период съемной зрелости.
