Особенностью матричной структуры является доминирование механизма взаимных согласований. Данный механизм применяется как в отношениях двух руководителей матричной структуры, имеющих равный статус во властной иерархии компании, так и в отношениях между работниками матричной структуры — специалистами разных функциональных департаментов, объединенных для реализации общего проекта. Поскольку матричные структуры применяются в основном тля реализации инновационных проектов, они не могут полагаться на стандартизацию трудовых процессов или использование стандартизированных знаний специалистов.
Инновационный характер проектов делает труднопредсказуемым конечный результат, соответственно организация не может полагаться и на стандартизацию выпуска.
Стандартизация в любой форме противопоказана инновационной деятельности. В аналогичной ситуации оказываются компании, функционирующие в условиях чрезвычайно динамичного окружения — невозможно стандартизировать постоянно меняющиеся процессы и заранее определить неизвестный результат.
В матричной структуре невелика необходимость в прямом контроле. Ключевую роль в ней играет не тот, кто обладает формальными полномочиями отдавать приказы, а тот, кто может генерировать новое знание. Руководители проекта являются не менеджерами в традиционном понимании этого слова, а членами проектных команд, ответственными за координацию. Контроль высшего руководства за деятельностью проектной команды ограничивается мониторингом хода реализации проекта, в ходе которого определяется соответствие проекта заданным срокам и сметам.