С проектной работой связан ряд специфических трудностей. Прежде всего, это продолжительный период «настраивания» команды на работу, включающий периоды формирования команды, приспособления се членов друг к другу и нормализации взаимоотношений внутри коллектива.
Более того, не исключены случаи, когда нормальные рабочие отношения между членами проектной команды так и не складываются ввиду отсутствия у руководителя проекта необходимого управленческого опыта и способностей, либо вследствие неоправданной амбициозности некоторых специалистов и их неспособности работать в команде.
По завершении проекта или отказе организации от проекта возникает проблема с трудоустройством высвободившихся специалистов.
Если проект был достаточно продолжительным по времени, то велика вероятность того, что прежнее рабочее место специалиста уже занято.
В результате организация сталкивается с дилеммой: или занять высвободившихся специалистов на временной работе, часто не соответствующей уровню их квалификации, или избежать лишних трат и уволить бывших членов команды, лишившись ценных специалистов. Подобная неопределенность по поводу будущего создаст дополнительное напряжение в проектной команде.
Существенным недостатком проектной структуры является дублирование существующих в организации функциональных служб.
Проектная структура используются для реализации очень крупных проектов инновационного характера типа создания лекарства против СПИДа или строительства завода для производства сахара по принципиально новой технологии.
Если проекты невелики по масштабу, то затраты на дублирование не оправданы. В этой ситуации руководитель проекта становится консультантом руководства фирмы, реализация проекта осуществляется в рамках обычной функциональной структуры, а координацию осуществляет один из высших руководителей фирмы.